Биология

Биология - Бисульфитное секвенирование

это применение бисульфитной обработки к ДНК для определения паттерна метилирования.

Метилирование ДНК было первой описанной эпигенетической модификацией и поэтому наиболее изучено. У животных обычно метилирование заключается в присоединении метильной группы к пятому атому углерода остатка цитозина в составе динуклеотида CpG и влечет за собой снижение активности гена.

Методы анализа метилирования ДНК, иные, чем ПЦР, специфичный к метилированию. После бисульфитной конверсии геномная ДНК амплифицируется при помощи ПЦР, которая не различает метилированные и неметилированные последовательности. Для разделения ампликонов после бисульфитной конверсии в таком случае применяют различные методы.

Суть метода

Бисульфитное секвенирование основано на том факте, что обработка ДНК бисульфитом превращает остатки цитозина в урацил, но не затрагивает остатки 5-метилцитозина. Дальнейший анализ сводится к различению однонуклеотидных полиморфизмов, и к разделению в сиквенсах цитозинов и тиминов.

Другие методы вместо обработки бисульфитом для различения метилирования аллелей предполагают специфическую по метилированию рестрикцию и иммунопреципитацию метилированной ДНК.

Для обзора подходов к анализу ДНК, обработанных бисульфитом, см. следующие обзоры.