Биология - Открытая рамка считывания - Выявление ORF
08 февраля 2011Оглавление:
1. Открытая рамка считывания
2. Выявление ORF
Кодирующие последовательности могут располагаться на любой из двух цепей ДНК, в любой из трех возможных фаз: по три, начиная с ATG, по три с +1 нуклеотида от ATG и так далее. При анализе просматриваются все шесть вариантов, поскольку при отсутствии дополнительной информации они являются равнозначными. Для удобства используют последовательность цепи ДНК, комплементарную кодирующей, так как ее последовательность соответствует последовательности мРНК.
Открытые рамки считывания у реальных генов перекрываются чрезвычайно редко. Однако у высших эукариот широко распространен альтернативный сплайсинг, при котором один ген кодирует целый ряд сходных белков, что, вместе с наличием интронов, существенно затрудняет поиск эукариотических генов in silico в сравнении с прокариотами.
Программы для определения ORF
- NCBI ORF finder
- ORF finder
- ORF Marker Русифицированный плагин среды UGENE для анализа открытых рамок считывания
Просмотров: 9658
|
|