Биология

Основные работы Анненкова посвящены флористике, фенологии, акклиматизации культурных растений, лесоводству.

• «Поездка в село Моховое 1850» // Записки Моск. общ. сельск. хозяйства. 1851
• учебник «Руководство к лесоводству для земледельческих школ»
• Эксикат «Flora mosquensis exsiccata» Флора Московской губернии — впервые в России.
• Высушенные растения воронежской флоры г. Тарачкова. Четвёртая сотня // Вестн. естеств. наук. — 1856. — Т. 13. — С. 408—412. — о первых эксикатах России.
• «Записки Комитета лесоводства»
• «Простонародные названия русских растений».
• Ботанический словарь. Справочная книга для ботаников, сельских хозяев, садоводов, лесоводов, фармацевтов, врачей, дрогистов, путешественников по России и вообще сельских жителей. Составил Н. Анненков — СПб.: Типография Императорской Академии Наук, 1859. — 295 с.; 2-е изд., 1878 — названия растений даны на латыни, русском, французском, немецком, английском языках и на ряде языков народов России.

• Статьи в «Bulletin de la Société Impériale des Naturalistes de Moscou»
• брошюры: «Observations sur la floraison de quelques plantes cultiv ées, faites à Moscou pendant les années 1844, 45, 46, 47, 48» и «Observations sur les pla ntes indigènes des environs de Moscou, faites pendant les années 1844, 45,46, 47, 48 et 49».