Биология - Факторы транскрипции - Структура
09 февраля 2011Оглавление:
1. Факторы транскрипции
2. Консервативность у различных организмов
3. Регуляция
4. Структура
5. Клинические аспекты
6. Классификация
ТФ являются модульными по структуре и содержат следующие домены:
- ДНК-связывающий домен — взаимодействует со специфичными последовательностями ДНК, характерными для промоторов и энхансеров. Специфичность распознавания определенных последовательностей определяет набор генов, подверженных регуляции данным ТФ;
- трансактивирующий домен — содержит участки связывания других белков, например, транскрипционных корегуляторов ;
- сигналраспознающий домен, который чувствителен к внешнем сигналам и отвечающим за передачу сигнала к другим компонентам транскрипционного комплекса, что вызывает повышение или понижение уровня экспрессии.
ДНК-связывающий домен
Структурно-функциональная единица факторов транскрипции, связывающая ДНК, называется ДНК-связывающим доменом. Ниже приведен список важнейших семейств ДНК-связывающих доменов/ТФ:
| Семейство | NCBI conserved domains | База данных структурной классификации белков | База данных InterPro |
|---|---|---|---|
| Спираль-петля-спираль | cl00228 | 47460 | IPR001092 |
| Лейциновая молния | cl02576 | 57959 | IPR004827 |
| C-концевые эффекторные домены составных регуляторов ответа | 46894 | IPR001789 | |
| GCC box | cl00033 | 54175 | |
| Спираль-поворот-спираль | cl02600 | ||
| Гомеодоменные белки — связывают гомеобокс. Играют критическую роль в индивидуальном развитии организмов. | cd00086 | 46689 | IPR009057 |
| Подобные репрессору фага лямбда | 47413 | IPR010982 | |
| srf-подобные | cl00109 | 55455 | IPR002100 |
| Парный бокс | cl09102 | ||
| winged helix | 46785 | IPR011991 | |
| Цинковые пальцы | |||
| * многодоменные Cys2His2 цинковые пальцы | pfam00096 | 57667 | IPR007087 |
| * Zn2/Cys6 | 57701 | ||
| * Zn2/Cys8 цинковые пальцы ядерных рецепторов гормонов | pfam00105 | 57716 | IPR001628 |
Сайты связывания ТФ
Участки ДНК, которые взаимодействуют с факторами транскрипции, называются сайтами связывания ТФ. Взаимодействие осуществляется за счет электростатических сил, водородных связей и сил Ван-дер-Ваальса. За счет корпоративного, стерически детерминированного действия данных сил, которое определяется пространственной структурой белковой молекулы, ТФ связываться только с определенными участками ДНК. Не все нуклеотидные основания в ДНК, входящие в сайт связывания ТФ, имеют одинаковую значимость при взаимодействии с белком. Вследствие этого, ТФ обычно связывают не участок со строго определенной первичной структурой, а группу структур с близким сходством, каждую — с разной степенью сродства. Например, хотя консенсусной последовательностью сайта связывания ТАТА-связывающих белков является ТАТАААА, они могут взаимодействовать также с ТАТАТАТ и ТАТАТАА.
Вследствие того, что ТФ взаимодействуют с короткими участками ДНК гетерогенной структуры, потенциальные сайты связывания ТФ могут возникать случайно в достаточно протяженной молекуле ДНК. Маловероятно, однако, что ТФ взаимодействуют со всеми подходящими элементами в геноме.
Различные ограничения, такие как доступность сайтов и наличие кофакторов, могут способствовать направлению ТФ в нужные участки ДНК. Таким образом, затруднительно на основании последовательности генома достоверно предсказать реальное место посадки ТФ на ДНК in vivo. Дополнительная специфичность ТФ может опосредоваться наличием нескольких ДНК связывающих доменов в составе одного белка, которые взаимодействуют с двумя или более смежными последовательностями одновременно.
Просмотров: 15331
|
|